Heuristic
Zwar verfügen einige Virenscanner über die Möglichkeit, auch nach allgemeinen Merkmalen zu suchen (Heuristik), um unbekannte Viren zu erkennen, oder sie bringen ein rudimentäres Intrusion Detection System mit sich, jedoch sind diese Lösungen auch nicht immer ausreichend. Zu guter Letzt kann es auch passieren, dass ein Angreifer für einen Computer einen eigenen Wurm, ein Virus oder auch häufig einen eigenen Trojaner schreibt, der nur einen bestimmten Rechner infiziert – von diesem Virus (Wurm, Trojaner) wird der Hersteller der Virenscanner natürlich nie erfahren (es gibt ja nur einen Vertreter), weshalb die Virenscanner diesen auch nie finden können.
Somit sollte kein Nutzer vergessen, dass ein Virenscanner nur als Ergänzung zu allgemeinen Vorsichtsmaßnahmen gelten kann (z. B. sollte ein Computerbenutzer nicht völlig unkritisch jeden Dateianhang einer Mail öffnen oder jede Software von unbekannten Webseiten starten).
Hinzu kommt, dass in letzter Zeit immer mehr Würmer und Viren die Fähigkeit aufweisen, Sicherheitssoftware auf infizierten Rechnern auszuschalten. Ist die schädliche Software also erst einmal gestartet worden, ist es meist schon zu spät, da der Virenscanner dann vom Virus oder Wurm deaktiviert wird. Meist wird der Virenscanner vom Virus nur für den speziellen Virentyp „blind“ gemacht, um unauffällig zu bleiben. Somit sollte man einen Virenscanner nicht ohne weiteres als Werkzeug verstehen, mit dem man infizierte Rechner säubern kann, denn dies ist nur dann möglich, wenn der Virenscanner außerhalb des Systems des Rechners läuft, also z. B. von CD gebootet wird.
Kein Virenscanner kennt alle Viren und Würmer, die Erkeunngsrate liegt nie bei 100%.
Ein infiziertes System muss also als kompromittiertes System aufgefasst und dementsprechend behandelt werden.